I en tid av djupa motsättningar, föreslog en grupp välbärgade och inflytelserika tjänstemän att de skulle ställa sina motorbåtar till marinens förfogande i krig. Den första flottilj var Göteborgs frivilliga motorbåtsflottilj, grundad den 2 maj 1913. År 1914 tillkom en flottilj i Stockholm och kort därefter även en i Norrköping.

Tillkomsten av flera flottiljer runt om i landet ledde till att det från ett flertal håll fördes fram tanken att bilda en riksorganisation.

Den 11 juni 1915 fastställdes organisation och reglemente och chefen för Marinstaben, amiral Sidner, utsågs till kårens första chef.

Sveriges frivilliga motorbåtskår fick till uppgift att stå till krigsmaktens förfogande, dels i krig eller vid mobilisering, dels i den mån man förbundit sig även i fred. Kårens verksamhet reglerades inledningsvis av reglementet utfärdat den 11 juni 1915 av Kungl. Maj:t. Kårstyrelsens och flottiljernas civila medlemmar erhöll tjänsteställningar inom kåren motsvarande sjömilitära tjänsteställningar från kommendörkapten av 1 gr till fänrik och redan i det första reglementet fanns föreskrifter om bland annat uniformsbestämmelser.

Medlemskap i flottilj och kår erhölls efter kallelse av flottiljs styrelse. Till medlem kunde endast kallas svensk medborgare, som antingen förfogade över sjöduglig motorbåt eller väntades på annat sätt gagna kårens verksamhet.  Kårens reglemente innehöll även bestämmelser om kårmedlemmarnas krigstjänstgöring. Besättningsmännen i kårmedlemmarnas båtar intog en särställning. De kunde krigsplaceras i respektive flottilj trots att de inte tillhörde kåren. Motorbåtsägaren var skyldig att tillse att det fanns tillräcklig besättning för båtens manövrering och underhåll. Detta medförde att det i regel var välbärgade motorbåtsägare som i första hand blev medlemmar i kåren. Antalet flottiljer ökade under perioden mellan första och andra världskriget.

Fram till krigsutbrottet 1939 tillkom flottiljer i Stockholms skärgård, Härnösand, Kalmarsund och Öresund.

Vid krigsutbrottet den 1 september 1939 kunde motorbåtskåren ställa upp med en organisation bestående av 1 600 man officerare, underbefäl och meniga.

Motorbåtar och besättningar var fördelade enligt en fastställd organisationsplan på olika marindistrikt, sjöstyrkor, kustartilleriförsvar med flera förband.

Gotlands frivilliga motorbåtskår hade sitt säte i Slite.

Den 1 november 1941 omorganiserades de frivilliga motorbåtsflottiljerna till 16 sjövärnsflottiljer, Göteborgs, Stockholm, Östergötland, Blekinge, Västernorrlands, Sörmlands, Södertörns, Kalmarsunds, Öresunds, Norra Smålands, Gävleborgs, Roslagens, Gotlands, Sydöstra Skånes, Vänerns och Norrbottens. Dessa underställdes marinen och en chef för sjövärnskåren, som måste vara sjöofficer i reserven, tillsattes.